Током НАТО бомбардовања, у ноћи 2/3. априла 1999, уништено је 5 фондова Архива који су били смештени у згради СМУП-а, од чега четири потпуно, а један делимично. Потпуно су уништени фондови АЈ-453 Савезни друштвени савет за међународне односе, АЈ-451 Савезни друштвени савет за питања друштвеног уређења, АЈ-452 Савезни друштвени савет за привредни развој и економску политику и АЈ-454 Фонд солидарности са несврстаним земљама и земљама у развоју. Делимично је уништен фонд АЈ-455 Авио-сервис савезних органа.

БРОЈ ФОНДА	НАЗИВ ФОНДА	ИНФОРМАТИВНО СРЕДСТВО	ПЕРИОД ГРАЂЕ
0451	САВЕЗНИ ДРУШТВЕНИ САВЕТ ЗА ПИТАЊА ДРУШТВЕНОГ УРЕЂЕЊА	попис	1971-1990.
0452	САВЕЗНИ ДРУШТВЕНИ САВЕТ ЗА ПРИВРЕДНИ РАЗВОЈ И ЕКОНОМСКУ ПОЛИТИКУ	попис	1975-1990.
0453	САВЕЗНИ ДРУШТВЕНИ САВЕТ ЗА МЕЂУНАРОДНЕ ОДНОСЕ	попис	1975-1990.
0454	ФОНД СОЛИДАРНОСТИ СА НЕСВРСТАНИМ ЗЕМЉАМА И ЗЕМЉАМА У РАЗВОЈУ	попис	1975-1991.
0455	АВИО-СЕРВИС САВЕЗНИХ ОРГАНА	попис	1985-1992.