Iako je arhivska građa iz perioda posle 1945. godine obimna, sačuvanost građe pojedinih fondova, naročito do 1953. godine, nije zadovoljavajuća. Kao ilustracija rečenog može poslužiti primer fonda AJ-50 Predsedništvo vlade FNRJ, u kome, pored ostalog, nedostaju zapisnici i materijali sa sednica vlade.

S druge strane, fond AJ-507 Savez komunista Jugoslavije veoma je dobro sačuvan za pomenuti period i predstavlja značajnu dopunu, a često i osnovni izvor za izučavanje događaja iz jugoslovenske istorije posle 1945. godine.

Tokom NATO bombardovanja, u noći 2/3. aprila 1999, uništena je arhivska građa 5 fondova koji su bili dislocirani u zgradi Saveznog ministarstva unutrašnjih poslova (4 kompletno, a jedan delimično).

Stanje fondova iz ovog perioda u Arhivu nije zadovoljavajuće jer veliki broj fondova nije arhivistički obrađen, odnosno nisu urađeni inventari. Ipak, istraživačima je omogućeno njihovo korišćenje, jer za najveći broj fondova postoje privremeni sumarni popisi.